La sezione ornitologica va certamente considerata tra quelle di maggior rilevanza zoologica sia per l’origine storica che per la mole dei reperti in essa contenuti, quindi per la sua completezza sistematica.

Questa sezione è composta da diverse raccolte e donazioni:

- una parte della ex collezione di Casa Savoia, ex collezione Carlo Bajnotti (1868-1943), ex collezione Cav. Nan Alberto (1892-1980);
- ex collezione Rag. Caggiano Raffaele (1942-1999) e attuali raccolte zoologiche Famiglia Basso, collezioni o raccolte che ammontano a 2841 (duemilaottocentoquarantuno) reperti montati, in pelle o in liquido conservativo per studio (di uccelli, uova, mammiferi, rettili e anfibi);
- ex collezione e donazione Cav. Pietro Sassaro (1901-1996), ora di proprietà Città di Jesolo, che consta di 1374 (milletrecentosettantaquattro) esemplari montati e inventariati (uccelli, mammiferi, rettili, anfibi, pesci) di cui molti provenienti dall’ex Jugoslavia.

Queste raccolte zoologiche, va ribadito, sono da ritenersi di notevole importanza storica, in quanto risalenti ad un periodo di tempo che va dal 1878 al 1979. Si tratta di collezioni che sono state esaminate e studiate da coloro i quali possono essere definiti i padri dell’ornitologia italiana. Alcuni di questi reperti furono omologati e censiti tra le prime segnalazioni italiane.

Tutti i reperti sono correlati di una cospicua mole di dati morfologici nonché citazioni bibliografiche che costituiscono un’ importante banca dati scientifica.

Per la fruizione ed uso didattico - propedeutico di questo prezioso materiale zoologico, sia l’Università di Firenze - Facoltà di Agraria (Corso di Laurea di Tutela e Gestione delle Risorse Faunistiche) che l’Università di Ferrara - Facoltà di Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali, già a suo tempo hanno stipulato delle convenzioni al fine di usufruirne per usi formativi universitari.

I reperti più preziosi sono costantemente sottoposti ad interventi conservativi e di manutenzione. Tra gli esemplari di maggior pregio ed interesse scientifico va segnalato un Chiurlottello (Numenius tenuirostris), l’Aquila del Bonelli (Hieraetus fasciatus), il Gipeto (Gypaetus barbatus), il Capovaccaio (Neophron percnopterus), l’Aquila anatraia maggiore (Aquila clanga) e minore (Aquila pomarina) e molti altri, acquisiti per gentile concessione dell’Amministrazione Provinciale di Venezia. Non si può trascurare la presenza di centinaia di esemplari affetti da anomalie teratologiche del becco o di colorazione delle penne, che interessano caratteri come l’albinismo, il melanismo, l’isabellismo e il flavismo o ibridi nati in natura.
Ampio spazio è stato dedicato all’esposizione di numerosi esemplari appartenenti a razze domestiche endemiche italiane di colombi e polli oggigiorno estinti o divenuti particolarmente rari.

Nella fotogallery in basso le immagini di alcuni esemplari esposti nel museo: